Neptonissa käyttöoikeudet perustuvat henkilölle annettuihin rooleihin, työajan rooleihin ja käyttöoikeusryhmiin. Näillä kaikilla eri tavoilla voidaan säädellä sitä, mitä kukin henkilö näkee ja mitä tietoa hän pystyy muokkaamaan Neptonissa. Eri oikeuksista on kerrottu tarkemmin omissa artikkeleissaan.
Roolit
Määrittää oikeudet henkilötietojen ja työsuhteeseen liittyvien tietojen hallinnassa sekä vuorosuunnittelussa. Lisää aiheesta artikkelissa roolit.
Työajan roolit
Määrittää henkilön oikeudet Työaika-osiossa. Lisää aiheesta artikkelissa työajan roolit.
Käyttöoikeusryhmät
Käyttöoikeusryhmillä voidaan sallia yhden henkilön pääsy katsomaan tai muokkaamaan valitun henkilöryhmän tietoja. Lisää aiheesta artikkelissa käyttöoikeusryhmät.